这天，小智一行人走到了人烟稀少的森林，这里环境优美，空气清晰，让小智他们流连忘返。好吧，说白了，他们又迷路了。
“我们又迷路了。”小智感叹到。
“真是的，我们再这样乱走下去，不管怎么走都走不到枯叶市的。”小霞也抱怨道，话说小霞你就不是乱走？
“好了，不要再抱怨啦，就是再抱怨我们也不可能直接到的。”小刚则是安慰的说到，小刚则表示理解。（废话，他带的路）
就在这时，小霞发现了一只走路草正在喝水，“好可爱啊，好，就由我接受吧，去吧宝石海星（她自己的那只），用水枪。”虽然走路草不是水系的，不过对于可爱的神奇宝贝，女孩子总是喜欢抱起来，使劲磨蹭。
宝石海星一发水枪就把走路草打的晕了，“去吧，神奇宝贝球”，小霞也看准了时机丢出了宝贝球，可是就在这时，一根藤鞭出来了，原来是一只妙蛙种子，藤鞭把小霞的宝贝球击飞了。
“这只妙蛙种子怎么了？”小霞不解的问道
“妙蛙种子，这是误会，我们只是要收服这只走路草，不是要伤害它。”小智知道他的御三家全都是被抛弃的神奇宝贝，所有一开始对人类都抱有不好的态度，所有用波导向它解释了。
妙蛙种子一开始先愣了一下，但很快反应过了，撞飞了宝石海星，然后带着走路草跑了。
“哎~跑掉了，不过那只妙蛙种子为什么要救走路草？”小霞问道。_
“不知道耶，我们往前看看吧”，在一旁的小刚也很不明白，于是说道。
因此小智一行人继续朝着前方行进着，一路上碰到许多陷阱，例如断桥，掉进陷阱里，被网吊到树上等，终于到了那个神奇宝贝疗养场，而且由于小智知道剧情，加强敏捷的身手，避开了所有陷阱，不过小刚还是因为踩断木头，掉下桥去，被水冲走。
“小智，怎么办，小刚掉下去。”小霞焦急的问道。
“没事的，我们去下游那边看看吧”小智知道小刚会被救起来，所有不担心。
他们快速的来到了目的地，看到一栋房子在那，小智上前去敲了敲门。
“你们好，请问你们有什么事吗？”听到们声后，从屋里出来一位女生，她对小智一行人问道。
“你好，我是来自真新镇的小智，现在正在进行神奇宝贝训练家的旅行，不过现在迷路了，还有你有没有看到一个黑黑的眯着眼睛的人？”小智很懂礼貌的回答说。
“我叫做小霞，来自华蓝市”，小霞也介绍自己说。
“小智，你这样说我救不对了。”小刚从里面出来，“你应该说见过一个有着小麦色健康的皮肤，帅气和浪漫具备一身的大有为的绅士，小刚先生，才对，是不是啊，小翠小姐。”小刚单膝跪在小翠面前。
“呵呵~”“皮卡~”－_－||小智和皮卡丘表示不知怎么吐槽他。
“好了啦——”，不过小刚刚说完，就被小霞给拽着耳朵拽走了，看来小霞也受不了小刚的花痴。
“小刚先生刚刚也说过了，我叫做小翠，也非常高兴遇见你们。”女生很恬静的回答说。
“哇，好多神奇宝贝啊，这些全是你的神奇宝贝啊。”这时小霞看到里面有好多神奇宝贝，于是吃惊的说。
“哦，不是了，其实这个地方有点像神奇宝贝疗养场，有很多神奇宝贝在战斗中受伤或被抛弃，这些心灵或身体受到创伤的神奇宝贝就会来到这里疗养。”小翠听了小霞的话后，则是微笑着解释说。
“这么说，小翠是神奇宝贝中心的护士喽，就你一个照顾那么多神奇宝贝，忙的过来吗？”小霞听了小翠的话，又吃惊的说道。
“不是的，你误会了，我没有那个资格，简单的说，我用的是民间的疗法，神奇宝贝在这个地方不用作战，它们可以疗养自己的伤势，跟同伴一起生活，还有妙蛙种子帮忙，没那么忙。”小翠继续为小智三人解释说。
“那，那个大洞和网子是……？”小智明知故问的说。
“对不起，我们村子为了不让神奇宝贝训练家靠近，才做了一些机关，那只是为了自卫而已，你看，这里受伤的神奇宝贝实在太多了。”小翠听到小智的话，知道小智他们被陷阱害过，所以非常的不好意思的道歉说，不过这一切都是她的猜想，事实小智连根毛都没掉。
“原来如此，如果不介意的话，那就由小生来帮忙可以吗？”这时小刚复活了，回来说道。
“真的吗？因为神奇宝贝太多，有时太忙我会出一些差错，真的谢谢你，小刚先生。”小翠不断像小刚鞠躬。
“那我们也来帮忙吧！”小智和小霞也加入其中，之后，小智等人就开始一起帮着小翠照顾那些受伤的神奇宝贝。
小智和小刚处理这是事情很是得心应手，皮卡丘则安慰受伤的神奇宝贝（慰问大使），而小霞那就有点出现问题了，不是拿错药，就是包扎的时候勒的太紧，或干脆包成一个木乃伊，然后又不知怎么拆，一阵手忙脚乱。不过好在有小智的指点，才没出什么大问题。
就在这时，突然外面一声巨响，小智他们跑出去看到一个巨大的机器停在了疗养场的前面。
“这是什么机器啊？”小翠很不解的问道。
“…………（火箭队经典台词）”。
“你们要干什么？”听完火箭队的台词，小翠很不确定的问道。
“这里所有的神奇宝贝，我们全部接收了。”武藏这时回答说，同时，那个机器伸出一只管子，开始吸气。
“不是吧，受伤的也要，我觉得你们抓只野生的都比这些好。”小智吐槽到。
“好像有道理。”小次郎附议到。
“少啰嗦，先抓走这些，再抓皮卡丘喵~”喵喵马上启动机器。
“快点，大家快躲进屋里。”而小刚也立刻打开小屋的门喊道，大家就开始向小木屋里跑去。
而就在这时，“等等，不行啊。”看到一只走路草被吸飞起来了，小霞很担心的喊道。
就在走路草快要吸进去的时候，突然出现了两根藤鞭抓住了它，妙蛙种子艰难的向屋子前进，小智则立刻把刚救下海星星交给小霞，自己跑去帮助妙蛙种子，“妙蛙种子加油啊”最后大家都进到了屋里。
“皮卡丘，十万伏特”皮卡丘的电击打在机器上一点事都没有。
“我们可是做了防电措施的，喵~”
火箭队加大了吸力，就在他们以为成功在望的时候，妙蛙种子突然跳上了屋顶，用藤鞭把管子打偏了，而小智也趁这个时候出来了。
“出来吧，大针蜂，使用冲钻。”大针蜂直接穿过了机器，机器发生爆炸，火箭队又飞了，“啊——，好讨厌的感觉啊”。
“大家都平安无事，真是太好了”，看到坏人被打跑了，而神奇宝贝们都没有事，小翠很高兴的说道。
“刚才好险啊，不过有妙蛙种子在，这个村子就安全啦”，而小智也看着妙蛙种子，对于妙蛙种子，他了解到这是一个和事佬，对战斗热情没那么高，但调节神奇宝贝矛盾到很厉害，以后自己的神奇宝贝之间难免有摩擦，这时就最需要它的用处，所有他很想收服它。
小翠看出了小智的想法，抱着妙蛙种子说:“要是不嫌弃的话，你可以带他走哦，妙蛙种子牺牲自己，帮助这里弱小的神奇宝贝，但是继续这样下去的话，他会成为井底之蛙的，如果它继续留下来，它是不会成长的，所以我希望你可以带妙蛙种子到外面的世界去。”
“可是，小翠，就你一个人能照顾那么多神奇宝贝吗？”这时小霞有点担心这个村子，于是说道。
“的确，妙蛙种子在保护这个村子方面确实有很多的贡献，但是神奇宝贝们是不能够永远停留在这个地方的，有些神奇宝贝的复健早就已经结束了，可是因为住在这里太舒服了，它们竟然不愿意回到外面的世界去，我希望它们恢复健康以后，能够回到原来的地方去，希望这里的神奇宝贝们能够回到大自然当然了，如果有受伤的神奇宝贝过来，我会尽力的治疗它们的，但是在治疗它们以后我希望它们回到原来的地方，这就是我的愿望，所以我希望你带妙蛙种子到外面的世界，它不是那种一辈子待在这里的当保镖的神奇宝贝，他应该还可以更叫的成长茁壮的，妙蛙种子有属于他的活跃的场所，对吧，小智，那就拜托你了。”小翠看着所以的神奇宝贝说道，并且最后对小智说。
“好，我明白啦，我一定会让妙蛙种子成为厉害的神奇宝贝的”，小智当然是同意了。
“哒奈~，哒奈~。”（想收服我必须先打败我。）而这时妙蛙种子叫了起来。
小翠正想解释时，小智止住了她的话，对着妙蛙种子说，:“我明白你的意思，来吧。”
“大针蜂，你上”，小智还是决定用大针蜂，而这时妙蛙种子使用了藤鞭左右开弓打向大针蜂。
大针蜂双针一扫，弹开了藤鞭，冲上去就一针打飞了妙蛙种子。
妙蛙种子没想到对方那么厉害，马上变招使出飞叶快刀。“大针蜂，双针攻击接下所有飞叶快刀。”小智决定拿妙蛙种子顺便训练大针蜂。
大针蜂快速的出针，几道残影过后，大针蜂的双针向串烧一样，插满了叶子，让后又是一刺，结束了战斗。
“去吧，神奇宝贝球。”小智丢出了神奇宝贝球，成功收服了妙蛙种子。
“很好，我收复妙蛙种子了。”“皮卡丘~”（太好了）小智很高兴的捡起了妙蛙种子的宝贝球，做了个小智的招牌动作。
妙蛙种子恢复后，与小翠告别了，小智收服了梦寐以求的妙蛙种子，然后踏上了去枯叶市的道路，他很想得到接下来的小火龙。