“皮卡皮卡~”皮卡丘放出电流和闪电鸟交流。
“干什么呢，这种攻击根本就无效的。”武藏看到后则是很不解。
“不是在攻击，是尝试交流啊喵，这是电系神奇宝贝的交流方式，它说这里明明是火焰鸟的岛，为什么要到这里来喵~”喵喵翻译说。
“皮卡丘~~~~”，皮卡丘看到没有反应于是加大了电流的输出，终于使电流缠绕上了闪电鸟，闪电鸟开始变得不耐烦了，也随后给了回应。
“它说这个岛的主人已经不见了，既然不在了，就由我来支配这个岛喵~”喵喵在旁为大家翻译，闪电鸟也随后放出更多的电流，好像是要彻底的改变这个地方，来适应自己，不过突然所有的电流都开始向上传去，仿佛受到了什么吸引一般。
“那个是什么？”而后就在大家的眼前出现了一个庞大的飞行物，小次郎吃惊的喊道。
“这是…”
“啊——”，两个方形金属物突然把小智一行人和火箭队圈了起来，火箭队尖叫了起来，而后另外两个金属物也把闪电鸟给关了起来，随后带着大家向飞行物飞去。
“是火焰鸟。”进了飞行物后，小智就看到了旁边被关着的火焰鸟。
“原来火焰鸟也被抓来了。”芙萝拉听了小智的话后有点吃惊。
“你们是第一批没有收到邀请信来到这里的人，觉得如何，火之神火焰鸟、雷之神闪电鸟，我的新收藏品。”这时从上方传下来一个人，并且对小智他们说道。
“等一下，大叔，收服神奇宝贝为什么不放在神奇宝贝球里，这样不就是侮辱他们吗。”小霞听了大叔的话很生气，对着大叔喊道。
“我不是神奇宝贝训练家，是收藏家，能用我的眼睛看到的东西，才是收藏品，看吧，我的收藏品，不过不要用手，这样才是礼貌。”大叔说完后，就把小智他们从关着的地方放了出来。
“急冻鸟，开始行动了。”这时大叔前面出现了一段影像，是急冻鸟，“要出来了，冰之神。”随后大叔就又传了上去，完全没有管小智他们，看来是认为小智他们翻不出什么大浪。
而此时，全世界的神奇宝贝们都开始向亚细亚岛前进，大木博士和小智的妈妈也乘上了前往橘子群岛的飞行船。
“这里好像写着什么…”芙萝拉看着旁边的石板。
“火之神、雷之神和冰之神不可以擅自触及，否则天地的愤怒将令世界走向灭亡。”芙萝拉为大家翻译石碑上的文字。
“怎么会这么严重。”小霞惊呼到，这确实难以让人相信。
“如果世界灭亡了，就没有神奇宝贝可抓了，我们会失业的喵~”喵喵这时却想到自己会失业。
“小霞，你们让开，我来救火焰鸟它们。”小智示意他们退后，然后拿出神奇宝贝球。
“出来吧，喷火龙，化石翼龙。”小智放出两个大将。“喷火龙，对着火焰鸟使出爆裂燃烧，化石翼龙，对着闪电鸟使出破坏死光。”它们两个的攻击足以破坏那些金属物。
‘砰——’，随着一声巨响，产生了爆炸，而火焰鸟和闪电鸟也成功的脱逃了。
“成功了”，看到火焰鸟和闪电鸟逃了出来，小霞高兴的喊道。
“是啊。”小智也很高兴，不过它们现在正处于愤怒状态，随后它们就撞破墙壁飞了出去，开始破坏飞行物。
“怎么办，要撞上了。”由于飞行物被火焰鸟和闪电鸟破坏，所以失控了，开始向下坠去，看着向下坠去的飞行物，火箭队担忧的喊了起来。
“大家快点抓住喷火龙和化石翼龙。出来吧，大针蜂。”没错，小智在之前换的就是大针蜂，他让喷火龙载着阿美和小建，化石翼龙载芙萝拉和小霞，大针蜂抱着自己，自己抱着皮卡丘和伊布，然后一起离开飞行物，至于火箭队就只能祈祷他们安全了，小智实在是无暇顾及了，不过以他们的“坏人主角光环。”或许除了自己就他们最不怕死了。
“小智，你看。”成功着陆后，小霞指着前方对小智说道。
“看来我们降落在雷之岛了，我正好需要这里的宝珠，你们等我一下。”看到前方的神社和黄色的宝珠，小智就知道是到了雷之岛，而后就上前把宝物拿到了手，黄色的透明宝珠里面有电流在乱动，而且有麻麻的感觉传来，像皮卡丘的电击疗法，小智赶紧把它放到口袋里，而后带着大家离开。
“他们完全的愤怒了”，随后传来了火箭队的声音，看来他们也安全着陆了，不过火焰鸟、闪电鸟和不知什么时候出来的急冻鸟愤怒了，开始乱放技能，完全变成一场大乱斗。
“我们快点到祭台上去吧。”等它们到祭台的时候。一只河马王正等着他们。
“把宝物放到那里。”河马王用心灵感应对着小智说道。
“嗯”，小智听后立刻向那边跑去，把火之宝物和雷之宝物放到了祭台对应的位置上。
“他们过来了。”小霞这时看着向这边一边飞一边放着技能的火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟，对小智说道。
“可恶我们还差一个。”小智说到。
“海之神，洛奇亚”，不过就在他们到的时候，从海里传来一股漩涡激流，把他们阻碍在了外面，而后出现了一只神奇宝贝，河马王看到神奇宝贝的真容后说道。
“这是…海之神？”芙萝拉听了河马王的话重复说。
“海之神只有在拯救世界的时候才会出现，不过也无法阻碍世界的灭亡”，芙萝拉看着天空中和火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟缠斗的洛奇亚说道，看来她知道一些传说。
“小智，只有当火之神、雷之神和冰之神拥有的宝物与海之笛调和的时候，才能消除他们的愤怒，现在能完成这件事的只有优秀的指挥者——小智。”而后洛奇亚通过心电感应向小智表达了解决这次事情的方法。
“为什么你会知道我？不过算啦，这些等一下再说吧！大家就在这里等我吧。”，小智这时站了出来。
“可是…小智…”小霞还想说些什么，不过被小智打断了。
“我已经拿到两个宝物了，只剩下冰之宝物了，我现在站在拯救世界最近的位置，虽然这一路也许会很艰难，可是我想要拯救这个世界，如果世界毁灭了，就没有神奇宝贝了，没有大家了，我不能让世界毁灭，而且传说中也只有优秀的人类指挥者才能拯救这个世界，我现在是最符合的了。”小智也看着前方的冰之岛和火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟。
“我们走吧，洛奇亚。”小智骑着洛奇亚离开了。
在骑着洛奇亚前进的时候，三只鸟发现了小智它们，火焰鸟不断的释放喷射火焰，闪电鸟释放十万伏特，急冻鸟释放急冻光线，不过洛奇亚都用技能和防护罩给挡住了，不过这撑不了多久。
“出来吧，暴鲤龙，化石翼龙，大针蜂和喷火龙。”小智决定派出神奇宝贝拖延一下它们。“暴鲤龙，你对付火焰鸟；化石翼龙，你对付闪电鸟，大针蜂，你对付急冻鸟。喷火龙，你协助洛奇亚保护我。”
面对三圣鸟，喷火龙它们都是很傲的神奇宝贝，还不畏惧的对着它们出招，不过结果很出乎小智意料…
暴鲤龙对着火焰鸟使出水炮，而火焰鸟使出大字火直接将水全部蒸发，然后对着暴鲤龙使出喷射火焰，将暴鲤龙放到火里烤一样，暴鲤龙发出惨痛的叫声…
而化石翼龙飞到闪电鸟身边时，被闪电鸟的电流困住，动弹不得，化石翼龙的外层岩石皮肤根本无法阻断电流的入侵…
另一边，大针蜂可以说被废除了攻击，它的双针都被裹上一层厚厚的冰，根本无法使用，只能拼命躲避急冻鸟的攻击…
“可恶，难道真的只能这些吗？”小智从背包里拿出来化石翼龙和大针蜂的mega进化石。
他之前一直不用mega进化，是因为他觉得神奇宝贝它们本身的潜力还没有完全挖掘出来，贸然使用mega进化会让它们产生过分依赖这股新力量，这对它们的未来发展是这次弊端，所以决斗场上他宁愿输掉，也不愿提前使用mega进化，不过现在情况不一样，只能破例了。
不过看着手里只有两个mega进化石，他突然在想暴鲤龙怎么办，看来只能喷火龙一起来辅助攻击了。
不过洛奇亚眼睛向后看了看小智，似乎知道小智有困难，它用念力从羽毛里取出一样东西，飞到小智手里。
“洛奇亚，这是…”小智看到飞到自己手里的东西，居然是mega进化石，还是暴鲤龙的。
“这是我在海里的一个遗迹中发现的，当初发现它的不一样，所以收藏了，现在送给你了，反正留着给我也没什么用。”洛奇亚说到。
“那真是谢谢你了，洛奇亚。”小智说到，对他来说得到这个是一件开心的事。
“伊布，爸爸希望你能帮我一个忙，将暴鲤龙它们救到这里来。”小智抱起伊布，一副拜托了的样子。
“布伊~”（只要爸爸拜托的事，我一定为爸爸完成。）伊布对着小智软绵绵的笑了笑，然后变成太阳精灵，用瞬间移动将暴鲤龙它们带了过来。
“谢谢你伊布。”小智摸了摸太阳精灵的脑袋。
火焰鸟它们突然发现原来那些胆大妄为的家伙突然不见了，等它们回过神来看到全在洛奇亚那里，气冲冲的杀了过来。
“现在没时间解释那个多了，各位，接住这个。”小智将mega进化石对应抛给了暴鲤龙，化石翼龙和大针蜂。
然后将项链拿了出来，紧紧的握住它，这也是他第一次使用mega进化，心中总是有一丝紧张。
小智先闭上眼睛，慢慢调整自己的心情，然后舒一口气，睁开那充满自信的眼睛，全身散发着淡蓝色的波导，却出乎意料的平静，喊道:
“暴鲤龙，化石翼龙，大针蜂，mega进化…”