整个南琉球群岛的陆地上，不管是军士还是商人，西班牙人已经全部被俘获，财产一律被没收，陆地上已经没有大明正式的敌人了。
郑芝龙安排陆战队的士兵，重点驻守在最大的城堡马尼拉，另外就是几座金矿与铁矿，兵力比较集中，陆战队由郑兴统一指挥。
在大海中，西班牙的舰船已经全部被歼，不是沉没，就是被南海舰队俘获，但南洋还有其它国家的舰队，特别是荷兰与葡萄牙，他们已经是大明敌人。
所以，郑芝龙最不放心的还是大海上。
他将舰船交给副司令张煮，在离开之前，郑芝龙一再叮嘱张煮，舰队不能太过分散，万一遇上荷兰、葡萄牙的舰船，可以充分发挥数量上的优势，另外就是舰船要靠岸，依靠岸炮的保护，防备西夷舰船的偷袭。
“司令，如果土著不听命令怎么办？”郑兴送郑芝龙上舰的时候，见左右无人，急忙向郑芝龙求教，第一次统领这么多的军队，又要驻守这么广阔的土地，他有些兴奋，同时也有些担心。
“土著？”郑芝龙做了个杀头的手势，没好气地教训道：“你们手中的燧发枪，难道是小孩子的玩具吗？如果有人敢反抗，那就格杀勿论，西班牙人不足万人，就能统治整个南琉球群岛，你有三万多士兵，又有汉人的协助，舰队给你撑腰，还怕治不了土著？”
“司令，土著毕竟不同于西夷。”郑兴似乎没开窍。
郑芝龙见郑兴没有领会自己的精髓，只好直言相授：“征服别人的土地，如果没有杀戮，仅仅靠怀柔，是无法长期统治下去的，一定要恩威并施，岛上只有二十万汉人，而土著达到二百万，不行杀戮，就无法建立汉人的威望。”
郑兴微微点头，“司令，我知道了，恩威并重。”
郑芝龙继续道：“不仅反对我们的土著要杀，就是消极对抗、阳奉阴违的土著，也要诱到异地屠杀，现在土著没有国家观念，也不知道其它地方的讯息，他们就是一盘散沙，你把他们带到外地杀了，只要注意消除痕迹，就不会有人知道，尽量将土著人口降到百万之内。”
“司令，我想我明白了。”郑兴的脸色有些发白，但为了大明，他很快就恢复了海盗的本色。
“知道就好，但要注意隐蔽，就是对汉人士兵，也要尽量封锁讯息。”
“是，司令。”郑兴站得笔挺，向郑芝龙敬了个军礼。
安排了南琉球群岛上的防务，郑芝龙就准备回国了，他命令士兵将缴获的黄金白银全部搬到舰船上，再准备全程的淡水和粮食，自己乘着“南海”号，亲自去迎接苏禄国王也哈巴玛喇。
从马尼拉到霍洛岛，顺风的时候，还不到一天的航程，傍晚时分，郑芝龙的小型舰队来到霍洛岛，停靠在岛的北部。
见郑芝龙亲自来接，也哈巴玛喇十分高兴，他在宫中设宴，为郑芝龙接风，这场宴会，应该是他作为苏禄素丹的告别宴了。
第二天一早，也哈巴玛喇带着他的王妃、王子与朝中的重臣，上了郑芝龙的舰船，侍卫们抬着十几个箱子的行李，上了运输船，看样子，这位素丹，是不打算回来了，至少短时间内是不打算回来了。
郑芝龙回到马尼拉的时候，天色已经完全暗下来，舰队当晚就在马尼拉过夜。
天明时分，郑芝龙上了旗舰“南海”号，李通、也哈巴玛喇与他的王妃，也是上了“南海”号，伴在郑芝龙的身边，数千西班牙俘虏则住在运输船上，十艘广船、十艘福船和二十艘苍山船，加上五十多艘运输船，应该是不小的舰队了，在南洋，现在除了大明，很难有哪个国家能随意就能组织这种规模的舰队了。
舰队沿着海岸线先西南方航行，拐过吕宋岛的最南端之后，转向西北方向，逆水而行。
这一天，郑芝龙正在甲板上与也哈巴玛喇、李通闲聊，他突然发现一处港湾，港湾的东、西、北三面，都被高山环抱，只有南面通向大海。
他觉得奇怪：“这是什么地方？舰队南下的时候，怎么没有发现这处港湾？”
“司令，此处叫苏比克湾，以前西班牙人在此停泊过舰船。”李通倒是听汉人说过，“舰船南下的时候，从北面只能看到高山，可能忽略了这所不起眼的港湾。”
“苏比克湾？”郑芝龙忽然一悟，“既然西班牙人在此停船，想必湾内水深不错，叫两艘苍山船进去看看水深与地形，然后快速赶上舰队。”
“是。”亲兵答应一声，一边走下甲板传令去了。
“司令准备在苏比克湾建立军港吗？”李通见郑芝龙如此关心苏比克，自然往军港上想。
郑芝龙的很多想法，都是出自李通，所以也没打算瞒他，“嗯，南海舰队既然常驻南洋，没有好的军港可不行。”郑芝龙看中的是苏比克湾的环境，三面环山，只有一面通向大海，易守难攻，如果港湾内水深适合，那就是最理想的军港了。
李通眨眨眼，“司令，要想控制南琉球群岛，光有海军恐怕还不够吧？朝廷会不会向南琉球派出陆军？”
“朝廷迟早会派出陆军。”郑芝龙有些后悔，许多运输船还留在马尼拉，没有随自己回来，如果朝廷要向南琉球派出陆军，运输上可就麻烦了，不过这里离马尼拉已经很远，再要回去，也是来不及了。
舰队到达帕萨伦的时候，两艘在苏比克视察港湾的苍山船追了上来，他们向郑芝龙报告了港湾的情况：苏比克湾长约三十里，宽超过十五里，水深达百丈，可停泊三百艘左右的舰船，向南可直接驶入南海，是不可多得的优良军港。
“果真是天然良港。”郑芝龙心情畅快，觉得时间过得也快，不知不觉之间，舰队已经越过大员，来到厦门。
“哈哈，从帕萨伦到厦门，也不过三天航程，而且还是逆风，看来吕宋离大明，真是不远呀。”
也哈巴玛喇早就将目光投向遥远的陆地，“郑司令，这就到大明了？”
“是呀，素丹，不过大明可是大得很，这才是厦门，离我们的京师，还远得很，没个十天半月，怕是到不了京师。”郑芝龙预备走海路，也哈巴玛喇带着王子王妃，陆路上他们不会骑马，速度更慢。
“十天半月？大明这么大？”也哈巴玛喇向前方的海岸线搜寻着，但海岸线一片模糊，根本看不到尽头。
“那是，素丹如果上了岸，就知道大明的广阔了。”
舰队在厦门停泊，因为是年底，郑芝龙给大部分士兵放了假，自己则带着李通、也哈巴玛喇君臣、塔波拉等人，乘坐“南海”号广船北上，这里几乎是大明的内海，他只带了五艘福船随行，数千西班牙俘虏，暂时留在厦门的军营内。
南海舰队在南洋建功立业的时候，北海舰队也没闲着，他们遵照朱由检的指示，一直在北方活动。