程成在告别了火箭队之后，就来到了苑之镇。在苑之镇外程成就遇到了小智一行人，紧接着就看到了倒在花海里的喵喵。
在程成和小刚的悉心照顾下，喵喵总算醒了过来。
“小鬼头，是你们呀。糟糕了，武藏和小次郎。喵！”
喵喵一激动牵扯到了伤口。
“好了，喵喵小心一点，不要乱动了。到底发生了什么事呀？”
喵喵给大家讲述了他们之前遇到的内容。大致就是他们在一个废弃的工厂里面找到了银河队的基地，然后发现帅哥先生正与他们对峙。火箭队几人想要帮助帅哥先生，但没想到银河队实在太强大了。除了喵喵被打飞以外，武藏、小次郎和帅哥都被银河队抓起来了。
“我要去救他们喵。”说着喵喵就站了起来，然后准备前往银河队的基地。
“等一下，喵喵，我们和你一起去。”
“不许过来瞄。”喵喵拦住了小智，“我们可是敌人呀，喵。武藏和小次郎由我去就就可以了喵。”
“喵喵，我们是去救帅哥先生的，帅哥先生是我们的好朋友，我们一定要去救他，所以麻烦你带路咯。”说着小智就向前走着。
“你们……喵喵我实在太感动了。”
“好了，喵喵，我们赶快去吧。”
程成摸了摸喵喵的头，他对喵喵头上的金币有些感兴趣。
“那么我们就乘坐热气球前进吧，喵。”
没多久喵喵就将它的热气球召唤过来了。实在是黑科技啊！
大家坐到了热气球上，然后朝着银河队的基地前进。很快，大家就看到了一座废弃的工厂。
“太好了，就是这里了喵。”
大家朝着工厂前进，然后从工厂里面飞出来了一群大嘴蝠。
“拜托你了，皮卡丘。”
“拜托你了，帕奇利兹。”
“出来吧，天蝎王、姆克鹰。”
小智将人两只能够飞行的宝可梦放了出来，然后让帕奇利兹和皮卡丘坐在它们的身上。两只飞行宝可梦载着两只电系的宝可梦朝着大嘴蝠们前进。
“皮卡丘，十万伏特。”
“帕奇利兹，放电。”
电系的绝招对她大嘴蝠的效果十分的明显，不过这还不够。
“月石，使用落石。”
落石对飞行系的大嘴蝠同样很有效，在十万伏特和落石的配合之下，所有的大嘴蝠都失去了战斗能力。
很快，大家就进入了工厂范围，这时候天台上忽然出现了一个人。
“坦克臭鼬，使用喷射火焰。”
“波加曼，泡沫光线。”
泡沫光线和喷射火焰打在一起，形成了强大的烟雾。趁着这个机会众人降落下来。
“坦克臭鼬，再一次喷射火焰。”
“快躲开。”众人躲开了喷射火焰。
“别在那里挡路，快让开。”小智大声的喊道。
这时候对方并没有进行攻击，也没有撤退，而是仔细的看着小智三人。
“你们几个还真是的，无论在什么地方都能够遇到你们。怎么了？是想加入银河队吗？”
“才不是呢。”小光拒绝。
“艾姆利多。”对方看向小光。
“亚克拉姆。”目光再转向小智。
“由克希。”最后看向小刚。
“怎么会是你们几个？你们几个为什么会被它们选上？”
“嗯？你在说什么呀？”
“我是说你们为什么会被湖中的宝可梦们选上。”
“湖中的宝可梦？”
这时小智几人想到了之前在湖中看到的几个影子。
“你们应该都看到了吧。湖中的宝可梦，那些传说神奇宝贝的灵魂，为什么你们会被它们选中，明明是应该我们同步的。”
“你到底在说什么呀喵？”
喵喵十分的疑惑，程成知道了她说的是什么了，三圣菇。
“听不懂没关系，上吧！坦克臭鼬，喷射火焰。”
“波加曼，泡沫光线。”
两只宝可梦的绝招打在一起，这一次升起了烟雾。当烟雾散开后，银河队的人已经不见了。
紧接着就看到一架直升飞机从他们旁边升起。
“皮卡～”
皮卡丘坐上姆克鹰，想要追击。
“等一下皮卡丘，我们还是先救火箭队和帅哥先生要紧。”
程成也没打算追过去，他一个人可打不赢银河队。
大家走下楼梯，然后来到了废工厂内。
“帅哥先生，你们在哪里？”小智向四周喊着。
“小次郎，五藏，你们在哪里呀？”
大家在工厂的四处寻找着。
“小智。”
一个声音喊了过来，这个声音是从前面的一个房间里传过来的，大家赶紧跑过去。
“帅哥先生，原来你在这里啊！火箭队的二人呢？”
“他们也在这里。”
“那好，你们让开一点，我把你们救出来。上吧，皮卡丘，使用十万伏特。”
皮卡丘的十万伏特打在门上，房间的门被打开了。
“帅哥先生，你没事吧？”
“我没事。”
“武藏、小次郎，你们没事太好了。”
“喵喵，你来救我们了，真是太好了。”
“对了，银河队呢？”
“他们已经逃走了。”
“好了，既然银河队走了，那么我们就要追过去了，这一次算我们欠你们一次，小鬼头。”话一说完火箭队就立刻跑开了。
“帅哥先生，我们现在应该怎么办？”小智询问帅哥先生。
“我们去看一看这座工厂到底是怎么回事吧？”
帅哥先生戴上了一个眼镜，然后在工厂内巡视着，很快大家就看到了一个实验机器。
“这里应该是他们做实验的地方，我倒想看看他们到底做了些什么。”
帅哥先生仔细检查了眼前的机器，然后在里面找到了一块红色的石头，应该是一种记录资料的东西。
“我们先回去将这个检查一下吧！”
大家离开了工厂，然后跟着帅哥先生来到了苑之镇。大家来到苑之镇的警察中心，然后准备将石头里面的资料传送到国际刑警总部进行探查。
“君莎小姐，就麻烦你了。”
“好的。”
君莎小姐打开了开关，然后开始进行读取和传送。就在快要完成之时，红色的石头突然炸裂开来，传送的仪器被破坏掉了。紧接着国际刑警总部发来了通讯。
“糟糕了，你们刚刚传过来的资料发生了问题，现在整个国际资料库全部都出问题了。目前已经没有办法查阅任何资料了。”
“糟糕，我们中计了，看来他们是故意将这个东西留在这里的。”帅哥先生醒悟过来。
“这件事我一定会追究到底的，小智，你们就先回去吧。”
程成和小智几人离开了警察中心，走出大门后，小光停止不前，看起来有心事。
“怎么啦？小光。”
“我有些在意湖中宝可梦的事情。”
“是呀，我们明明只是见过一下而已，不知道为什么银河队会知道。还有她话里面的意思我也不清楚。”
“算了，我们先回宝可梦中心吧！”小刚建议道。
紧接着大家就回到了宝可梦中心，然后住了下来。
第二天一早，程成来到大厅中吃早餐，然后就看到了小智他们几个没什么精神，看来昨天晚上睡得不是很好。”
“你们没事吧，昨晚没睡好吗？”
“是程成啊！昨天晚上我们梦到了湖中的宝可梦们，它们似乎遇到了什么危险。就像是做了一个恶梦一样，弄得我们怎么也没睡着。”
“这样啊！不过不用担心它们，毕竟是传说中的宝可梦，应该没那么容易出问题的。”
程成拿了一份早餐，然后开始吃起来。
“啊！”
小智叫了一声，手中勺子掉在了桌子上，然后摸着他的头，似乎很痛苦。
“小智，你怎么了？”
“是亚克拉姆，它好像出事了。”
“是昨天晚上的梦吗？看来那个梦是真的了。”小刚回忆着昨天晚上做的梦。
“那我们该怎么办？湖中的宝可梦们似乎遇到了危险。”小光十分的着急。
“我们先联系一下山梨博士吧！”小刚建议。
紧接着大家就借用宝可梦中心的视频通讯机，和山梨博士进行通讯。
连通之后小智就向山梨博士述说了他们遭遇的事情。
“哦，原来你们也受到影响了呀。现在银河队和猎人J正在立志湖这边，小茂正在和他们战斗。
这时候视频忽然转向了立志湖上空，在这里可以看到银河队和猎人J正在捕捉些什么，他们身边出现了一个巨大的光球。
接着猎人J的暴蝾螈飞了过去，使出了破坏死光。破坏死光打到了光球之上，光球慢慢的显现出一只宝可梦的模样。
“是亚克拉姆。”
小智看到那只宝可梦，发现正是和自己有着联系的亚克拉姆。
“上吧！大嘴蝠。”
银河队放出了大量的大嘴蝠，然后向亚克拉姆飞过去。
“大嘴蝠，使用超音波。”
大嘴蝠的超音波打向了亚克拉姆，亚克拉姆不停地闪躲着。接着亚克拉姆使用了技能，直接让大嘴蝠们失去了战斗能力。
猎人追抓住了这个机会，用手中的武器将亚克拉姆石化了。
“啊！”小智的头又痛了起来。
没过多久又有两只宝可梦出现了，它们是由克希和艾姆利多。
“由克希。”
“还有艾姆利多。”
小刚和小光也感应到了和他们有联系的两只宝可梦。
两只宝可梦感觉到亚克拉姆这边出了问题，于是便赶过来了。
两只传说宝可梦与猎人J对峙在一起。