东晨在以前的世界只玩过刺客信条1和2，记得不少故事情节，但大多都是关于阿泰尔和艾吉奥的。刺客信条游戏之中虽然介绍了不少现实世界的情况，但大多都是通过那些电脑中的邮件之类的信息所展现的。他当时玩游戏时没过多关注过这些，再加上只玩过1代和2代，所以对将要遇到的事可以说是眼前一抹黑。看来如果想得到更多关于神器、先行者文明、圣殿骑士团的信息只能盯紧“阿伯斯泰格娱乐”，而现在和“阿伯斯泰格娱乐”有直接关系的就是“Helix”了。于是拿出了发布会赠送的Helix主机。
东晨扫描整台机器后发现“Helix”在玩家的体验过程中，在检测到一些特殊基因信息时，会偷偷采集用户的基因信息，“阿伯斯泰格娱乐”完全是抱着某种不可告人目的而发布了“Helix”这款产品。东晨一开始以为他们想通过“Helix”找出隐藏的刺客兄弟会后代，但经过入侵“阿伯斯泰格娱乐”后发现事情远远没有那么简单。他们似乎在“圣者”约翰·斯坦迪什的基因构成中发现了第一文明“先行者”的DNA，“圣者”似乎拥有高浓度的先行者DNA。“Helix”就是用来寻找“圣者”并补完先行者DNA序列的。
他喵的，看来不消停的圣殿骑士团准备用先行者DNA来做些什么啊。东晨能想到的就是用这些DNA克隆个先行者出来，再用Animus进入他的基因记忆得到先行者文明的科技。
但东晨感觉事情很可能没那么简单，弄个创造人类的“神”出来真的不会出什么意外吗？天知道这个“神”被复活后会干些什么。
时间一点点过去，生活似乎又平静了下来。东晨最近修炼原力的时候出现了些情况，冥冥之中总是感觉有个地方在召唤他前去。东晨没有莽撞地直接前去查看，而是通过计算距离目标远与近时，不同的召唤强度，得出了大概的地点黑溪地区边境北部。
喵了个咪的，这不就是“阿伯斯泰格工业公司”获得戴斯蒙德·迈尔斯尸体的地方吗！看来这地方不简单，有必要过去瞧瞧了。
东晨通过无人机秘密调查了那个位置附近的情况，发现这是个隐蔽的山洞。可能因为地方过于偏僻吧，附近没发现什么监视设施和人员。但是通过光脑发现有颗“阿伯斯泰格工业公司”的卫星在监视着这里。东晨打定主意不等了现在就过去瞧瞧，让光脑入侵卫星屏蔽这一地区监视，在准备一番和给安妮打了个电话后，就带上两个战斗机器人前往了那里。
东晨没遇到什么阻挠就来到了这里，山洞外他没发现有什么特别之处，洞里有一面抬起大概半米高的石壁，石壁上面有着不少古代的壁画和现代人的涂鸦。这明显是一扇被开启的大门。
最近发生的事都和刺客信条有关，东晨觉得这个扇石壁后很可能是先行者的遗迹。召唤东晨的很可能会与先行者有关。这里一片漆黑，能看得出来这里以前似乎有着很久远的历史。建筑物上那些沟壑所形成的符文，像极了矩阵烙印周围的那种文字。东晨非常疑惑难道先行者文明和系统有什么关联不成？东晨按下了疑惑继续探索着这处遗迹。
不久没有什么发现的东晨来到了最后的石室。石室不是很大，石室四周布面了沟壑错形成的符文，这些符文最终汇聚在了石室中间一个一米左右的石台的上面。石台似乎以前是放置什么东西的基座，基座上现在已经空空如也了。
东晨有点失望，看来这处遗迹已经被“阿伯斯泰格工业公司”搬空了啊。
既然自己感知到召唤，那这里肯定还有些“阿伯斯泰格工业公司”没发现的东西。东晨当下命令跟随的战斗机器人负责警戒，就坐在基座旁边运用起原力，在遗迹中感知起来。
原力的视界中，遗迹变成了一个充满能量管道的的建筑。微弱的能量在四周墙壁的沟壑中流动着，他们从遗迹外壁上一些符文中产生，慢慢汇聚到东晨身旁基座下方的一个核心中，微弱的能量正是从遗迹外壁的那些符文中产生的。不知道是不是遗迹经过太长时光的侵蚀，已经遭到了一些损坏还是其他的什么原因，符文所转化出的能量非常地微弱。
东晨感觉那种召唤就是那颗核心说发出的，东晨试着用原力接触了核心。忽然一股庞大的信息流涌向了东晨。他感觉大脑一阵刺痛就昏迷了过去，意识恍惚中东晨仿佛来到了远古时期，一男两女三个先行者正在这处遗迹中研究着什么。
通过他们之间的交谈东晨知道了大概的情况，三人分别叫朱庇特、朱诺和密涅瓦。他们是都是些拒绝战争的人。
而他们聚在这里的原因是研究应付灾难的办法，这场灾难是一场将地球磁场倒转的巨型太阳耀斑，这同时也将导致了地壳的极端不稳，这会毁掉整个地球上的文明。
朱庇特、朱诺和密涅瓦在不断的实验中否定了一个个方案，密涅瓦最后发现了一种方案，就是通过“眼”之基座使用一种特殊的数学公式控制能量，从而短时间操控规则，进而解决太阳耀斑。
但密涅瓦同时也注意到了朱诺似乎很早就在“眼”之基座上做了手脚。朱诺的父亲前不久被一个人类杀死，她开始对人类心生怨恨。而朱诺的丈夫艾塔也在试验第四种方案时牺牲了，她现在的思想已经出现了转变，开始谋划征服这个世界。密涅瓦和朱庇特发觉了朱诺的目的，为保卫世界将朱诺的意识囚禁了起来。如果使用“眼”之基座这种方案，那么在解决灾难的同时，很有可能让朱诺得到“眼”之基座控制权的同时脱困而出，那时真不知道她会做出些什么。密涅瓦因此强行地终止了这种方案。
灾难如期而至。太阳耀斑摧毁了地球，只剩下不到一万人类存活，先行者的数量更加稀少。幸存的先行者和人类开始重建这个世界，虽然暂时度过了劫难，先行者因为人口的原因，却无法完全恢复往日的强盛，逐渐走向灭绝。随着人类的繁衍和先行者的灭绝，各个文明在逐渐在地球上出现，灭绝的先行者们成了各个文明中的“神”。
画面忽然一变东晨看到了戴斯蒙德·迈尔斯，原来是他阻止了第二次灾难。他运用了“眼”之基座，但是也因此付出了生命。随后“阿伯斯泰格工业公司”回收了他的尸体，并得到了“眼”之基座最重要的部件，那颗名为“眼”的装置。
东晨幽幽醒来，想着在醒来前他听到的嘱托“毁掉“眼”，阻止朱诺”。他意识到先行者朱诺很可能现在脱困了，如果让她掌控了“眼”，那么她就能操控部分规则。我去，那就真的完菜了。
东晨满脸忧愁地回到了家中，他现在不清楚朱诺的下落，但他猜测朱诺很可能现在是一种类似智能程序的状态，联想到“Helix”收集先行者DNA东晨感觉，很可能朱诺已经和圣殿骑士团达成了某种协议，但现在圣殿骑士团很可能不清楚朱诺的具体情况，被朱诺蒙蔽了。她很可能正在为复活做着准备。朱诺很可能就存在于“阿伯斯泰格娱乐”的Helix的主系统中。幸好之收集“阿伯斯泰格工业公司”资料时还没入侵过“阿伯斯泰格娱乐”，如果引出朱诺，光脑很可能不敌，到时候就麻烦了。
没什么太好的方法，只能在不引圣殿骑士团注意的情况下，起先对“阿伯斯泰格工业公司”进行全方面监视了，如果能通过“阿伯斯泰格工业公司”得到朱诺和“眼”的消息那就最好了。