自崇祯元年（1628年）起，中国北方大旱，[15]赤地千里，寸草不生，《汉南续郡志》记，“崇祯元年，全陕天赤如血。五年大饥，六年大水，七年秋蝗、大饥，八年九月西乡旱，略阳水涝，民舍全没。九年旱蝗，十年秋禾全无，十一年夏飞蝗蔽天……十三年大旱……十四年旱”。崇祯朝以来，陕西年年有大旱，百姓多流离失所。
崇祯二年五月正式议裁陕北驿站，驿站兵士李自成失业。
崇祯三年（1630年）陕西又大饥，陕西巡按马懋才在《备陈大饥疏》上说百姓争食山中的蓬草，蓬草吃完，剥树皮吃，树皮吃完，只能吃观音土，最后腹胀而死，[16]
崇祯六年（1633年），“全陕旱蝗，耀州、澄城县一带，百姓死亡过半”。
崇祯七年（1634年），家住河南的前兵部尚书吕维祺上书朝廷：“盖数年来，臣乡无岁不苦荒，无月不苦兵，无日不苦挽输。庚午（崇祯三年）旱；辛未旱；壬申大旱。野无青草，十室九空。……村无吠犬，尚敲催征之门；树有啼鹃，尽洒鞭扑之血。黄埃赤地，乡乡几断人烟；白骨青磷，夜夜似闻鬼哭。欲使穷民之不化为盗，不可得也”。旱灾又引起蝗灾，使得灾情更加扩大。河南于崇祯十年、十一年、十二年、十三年皆有蝗旱，“人相食，草木俱尽，土寇并起”，其饥民多从“闯王”李自成。崇祯十三、十四年，“南北俱大荒……死人弃孩，盈河塞路。”
瘟疫爆发
崇祯十三年（1640年），顺德府、河间府和大名府均有大疫，并且是烈性传染病的流行，“瘟疫传染，人死八九”。
崇祯十四年（1641年），疫情进一步发展。在大名府，“春无雨，蝗蝻食麦尽，瘟疫大行，人死十之五六，岁大凶”。死亡人口的比率相当高。广平、顺德、真定等府，类似的记载相当多。左懋第督催漕运，道中驰疏言：“臣自静海抵临清，见人民饥死者三，疫死者三，为盗者四。米石银二十四两，人死取以食。惟圣明垂念。”[17]这时华北各省又疫疾大起，朝发夕死。“至一夜之内，百姓惊逃，城为之空”。[18]
崇祯十四年（1641年）七月，疫疾从河北地区传染至北京，病名叫“疙瘩病”，“夏秋大疫，人偶生一赘肉隆起，数刻立死，谓之疙瘩瘟，都人患此者十四五。至春间又有呕血者，或一家数人并死。”[19]“疙瘩”是对腺鼠疫患者的淋巴结肿大的称呼。
崇祯十六年（1643年）夏秋间发生的腺鼠疫至崇祯十七年（1644年）春天转化为肺鼠疫。北京城中的人口死亡率大约为40%甚至更多，十室九空。[20]北京郊区的疫情也很严重。在通州，“崇祯十六年癸未七月大疫，名曰疙疽病，比屋传染，有阖家丧亡竟无收敛者”。昌平州的记载中称为“疙疽病”，而且“见则死，至有灭门者”。河间府景县“崇祯十六年大疫，病者吐血如西瓜水立死。”
崇祯十六年（1643年）八月，天津爆发肺鼠疫：“上天降灾，瘟疫流行，自八月至今（九月十五日），传染至盛。有一二日亡者，有朝染夕亡者，日每不下数百人，甚有全家全亡不留一人者，排门逐户，无一保全。”[21]
崇祯十七年（1644年），天津督理军务骆养性说，“昨年京师瘟疫大作，死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者。”[22]
崇祯十七年（1644年）秋天，鼠疫南传至潞安府，“病者先于腋下股间生核，或吐淡血即死，不受药饵。虽亲友不敢问吊，有阖门死绝无人收葬者”。[23]
山西鼠疫也向周边省份传播。崇祯七、八年间兴县人民因避疫而逃之一空，有可能将鼠疫传播到相邻的地区。从兴县过黄河，就是陕西的延安府和榆林府，崇祯九年至十六年，榆林府和延安府属县相继发生大疫，如崇祯十年“大瘟，……米脂城中死者枕藉，十三年，夏又大疫，十五年，……大疫，十六年，稔，七月郡城瘟疫大作”。
江南在崇祯十三年（1640年）遭大水，崇祯十四年（1641年）有旱蝗并灾，崇祯十五年持续发生旱灾和流行大疫。地方社会处在了十分脆弱的状态，盗匪与流民并起，各地民变不断爆发。