日本北海道的政治中心就是札晃。日本撤退之后，便全部撤退到了札晃城内，可是札晃城墙低矮，根本没有任何防御作用。知道这一点的日军根本就没有在城墙上进行抵抗，而是将部队彻底撤进了城里，想凭借熟悉的地形，利用巷战，将大量杀伤清军。
咸丰二十八年四月，清军在函馆登陆之后，将日本海军收编了，日本海军司令东乡平八郎，见大势已去，自己在指挥仓里切腹自尽，日军海军士兵一部分人自杀，一部人被俘。清军在函馆炮台休整一段时间之后，余永带领他的舰队离开函馆，向日本本州岛前进。在那里还有一批美国人的战舰正在等待着他。
跟日本人的海战没有什么意思，余永航希望美国人能够像日本人一样疯一回，让大清海军有机会跟美国海军在太平洋上分出个高下来。
躲在札晃城里，打算跟清军打巷战的日军没有等来清军像洪水一般的涌进札晃，却等来了一场滔天大火。以刘永福伟大的恶棍情操，他才没有傻到要去钻日本人的袋子呢。札晃城外，刘永福不知道从哪里搞来了几瓶日本的清酒，摆着一张小木桌，悠闲自得的，小口喝着小酒。
札晃城内扑天盖地的大火和城内的日本平民撕心裂肺的哭喊之声，他像是没有听见，也没有看见一般。他只是皱着眉头，非常不悦得对身后矗立着的参谋说道：“我说，这日本人的清酒也能叫酒？真他妈跟喝水似的。真扫老子的兴致。“
余永航把他的酒全部丢大海里喂了鱼，好不容跑到北海道的一个小村子里抢了几瓶清酒，原本还以为可以暂时解解酒瘾的，谁想到竟是这么相结果。他也没心思在这里欣赏“火景“了，气愤地将桌上的酒都扫到地上，对身后看着他忍笑忍得非常痛苦的参谋说道：“什么时候火灭了，什么时候来叫我.真扫兴。“
“是.“参谋忍着笑意，敬礼道。
札晃大火整整烧了一天一夜，才算渐渐平息了下来。日本人的房子都是木制结构的，就要点燃一处，被海风一吹，马上就是滔天之势。城里的日军冲又不敢冲出来，躲又没地方躲，最后只得被活活烧死、熏死在札晃城里。只可怜五万多札晃平民，也随着日军一起被困死在城里，只有少数平民在火起的时候，逃了出去。
等到第二天清军进城搜索的时候，除了看到一片废虚之外，就只有无数被大火烧得焦黑，惨不忍睹的尸体了。尸体被大火烧得发出一阵阵刺鼻的焦臭味，许多士兵都忍不住恶心得想吐。可是刘永福却像是看到一件精美的礼物一般，兴致盎然，洋洋自得。
他放火之前早就将电报打到了北京城，因此不怕受到内阁的指责。按咸丰告诉他的说法就是：日本人就是一群养不熟的野兽，你再怎么对他好，等他把伤养好了，照样咬你。刘永福想，既然面对的是一群野兽，也没理由跟他们讲什么人道主义吧。伤亡小才是真理。
清军一把火把札晃烧掉了，余下的日军再也不敢跟清军玩什么计谋了。清军一路时展出奇的顺利，日本当地的居民看到清军来了，不但不逃避了，还出城迎接，帮着清军去找躲藏起来的日军。几万清军在北海道横冲直撞，如入无人之境。
在京都，幕府与天皇派对峙了一个多月。明治天皇亲自上阵指挥大军。三月底的时候，日本的所能交通与通迅设施几乎都被不明身份的人全部破坏一空。现在的明治天皇还不知道北海道已经被清学占领了。
指挥室里，明治天皇情绪不安地回来走动着，几名大臣跪坐在地上。已经很久没有东乡平八郎的消息了，他很担心自己省吃俭用建立起来的那支海军舰队会被清军海军全部消灭。那可是半个日本，数百万日本居民每天两顿，不要工资的工作，省下来的。那是日本未来的希望。
“伊腾君，你说东乡君会不会真的出了什么事情？“明治不安的问道。年轻而刚毅的脸上，满上担忧。他身上没有穿皇袍，却穿着一身元帅装，整个人显得无比锐利。
伊腾博文是日本尊王派少壮派最出色的谋臣，也是最为热血的日本轻年。他对明治的话同样感到担忧。按照之前与东乡平八郎约定好的，一旦舰队遇到什么情况，或者是转移到到什么新的地点，是会与天皇联络。可是自从十几天前，东乡给天皇发过一次最报，说他已经转移到函馆去补充淡水去了之后，就一直没有消息再传回来了。
会不会是因为通讯设施被破坏了，才没有他的消息呢？伊腾博文不敢肯定。但是现在是对幕府军的最后一战，他不能不为整个战争而做考虑，天皇的心情必须稳定，那样大军的军心才能稳定。
他轻咳了一下，低头道：“陛下，依臣之见。东乡君是我大日本帝国最出色的海军将领，他不会轻意被支那人消灭的。一定是遇到了什么情况，他撤退得比较匆忙，才来不急跟陛下联络的。而且这段时间，帝国的通讯设施都还没有修好，根本无法传达消息呀。您多虑了！“
“但愿意如此！“明治轻轻叹息了一声道，“东乡君独自应对支那人强大的海军舰队，实在是苦了他了。等到大日本帝国强盛起来的时候，我一定要将首功授予东乡君。“
之前明治与内阁向大臣之间商议的结果是，一旦大清帝国援助德川庆喜，那么面对大清帝强大的海军，日本的海军则利用熟悉地型的优势，尽量将大清帝国的海军拖曳在大海之上，使他们不能有效地对尊王派起到打作用。
这可是当年大清帝国对付英法联合舰队的战法。东乡平八郎觉得这一套办法非常适用于日本海军，因此在与大清九州舰队碰过面之后，他便知道大清帝国的海军出现了，不敢再哪九州舰队硬碰，率领舰队逃到了海上。
只是没有想到，大清帝国一开始就是奔着他来的，他想逃，却没有那么容易。东乡平八郎本想，只要美国的援助出现了，自己再往里面一躲，任你大清帝国的海军怎么厉害，怎么也拿他没有什么办法了吧。他去函馆，本来就是想等补弃了淡水之后，就去与美国舰队汇合的。
只是他没有想到自己最终还是晚了一步，由于到达函馆的时候，时间已经不早了，以为自己行踪很隐避的东乡平八郎，觉得先在函馆休整一夜，第二天一大早起程去与美国舰队汇合。他却忘了大清帝除了战舰之外，还有犀利的潜艇部队。
“那么接下来，我们该怎么办呢。伊腾君。支那人的支援已经到达了。我们还不是支那人的对手，只算我们打败了幕府，却无法对抗支那人。如果到时候，支那人仍不愿意承认我们，我们只有失败的结果。“明治放下海军的事情问道。
对此，伊腾博文却显得很有信心，他直起身子说道：“陛下放心。支那人之所愿意帮助德川庆喜，不过就是因为德川庆喜能够给他们最大的利益。只要我们同样答应给支那人幕府能给他们的利益，支那人是不会总是站在幕府一边的。“
明治沉思了一会儿，觉得伊腾博文说的很有道理，美国人之所以会帮助自己，还不是因为自己答应了美国人，等日本在天皇的统治之下，稳定了之后，愿意帮着他们共同对抗支那人？美国人又会是什么好人吗？只不过是想把日本当做他们的一条狗而已。自己为什么一定要听他们的？
只要自己将大清帝国拉拢了，就可以借大清帝国的势和却压迫美国人，这样双方制衡之下，大日本帝国才有机会安稳地去发展自己。让支那人跟美国人却争吧，争得越激烈，对大日本帝国才最好。
明治点了点头道：“伊腾君说的对。那我们就尽快解决德川庆喜这个卖国贼吧。等到大清帝国做出反应之前，事实已经不是他们所能够改变的了。然后还有劳伊腾君去支那那里走一趟，为帝国好好周旋一下。“
“愿为陛下效力！“伊腾博文与各位大臣郑重地向明冶跪拜道。
咸丰二十八年四月初，尊王派最后一次向德川幕府发动进攻，早已经人心离散的德川幕府，虽然军队的数量与尊王派相当，且装备还要较尊王派高上一层，但却便宜了尊王派。许多幕布府大军，在天皇的在大军冲上来的时候，就就地投降，跟着尊王派大军一起冲向自己的军队的阵地里而。
叛军势不可挡，幕府军节节败退，仅仅交战了一天，幕府就丢掉了所有的外围阵地。只能凭借坚固的京都城墙与叛军对峙。德川庆喜急得连连向大清帝国发送求援请求。这次他什么都顾不上了，只要能把叛军打退，那怕要他将半个日本都让给大清帝国他了愿意了。
可是他没有等来大清帝国的援军，却等来了自己的没日。咸丰二十八年四月十一日，尊王派炮兵将一侧京都城墙轰倒，二十万大军如潮月般地涌进了京都城。来不及逃走了德川庆喜被俘。
明治天皇迅速在就都组建设了日本天皇政府，将京都改名东京，并且当天便向大清帝国派出了使节团，答应大清帝国，原幕府与大清帝国所签定的所有条约，天皇政府都无条件承认，并且原意以九州岛为代价，希望大清帝国承认天皇政府的合法性。