郑芝龙率舰队抵达马尼拉湾，他弃舰登陆，准备亲自指挥围攻马尼拉城。
“小兔崽们，我要再迟来一点，马尼拉又没我的份。”郑芝龙南下的时候，并没有遇上任何西夷的舰队，他早就心痒难耐了。
“司令，只怪西班牙人逃得太快，附近的西班牙人都逃入马尼拉城了，我们也没怎么打仗，很多士兵到现在都是一枪没发。”郑兴满脸轻松，一点都没有长途奔袭的疲惫。
“我得最先跨进马尼拉城，谁都不许和我争。”郑芝龙不知道是个人英雄主义，还是在激烈士兵。
“不行，司令，你是整个舰队的主帅，不能置身险地。”郑兴读过几年书，知道主帅对一支军队的重要性，即使战争胜利了，万一主帅受伤，甚至意外死亡，军队就会失去灵魂。
“好吧，那就由我来亲自指挥攻城。”郑芝龙只得退让一步。
郑兴不敢再争了，“司令是主帅，我们自然是听你的。”
“好，把火炮集中到南城外，给我轰踏城门。”郑芝龙要充分发挥火炮的威力，集中于一点，以求早日破城。
士兵们将运输船上的六十们火炮，全部集中到南城门。
火炮全部架设在距离城墙一千步的地方，已经接近午时了，炮手们开始校准火炮、调整炮口。
“轰……隆……”
“轰……隆……”
“轰……隆……”
……
西班牙的火炮首先开始射击了，他们的火炮，早就固定在城头，塔波拉见明军的火炮集中在南城外，知道那是明军的主攻方向，他一面派人将其它三个城头的火炮，全部拆卸，运往南城门，一面抢先开炮，他要给明军一个下马威。
“他奶奶的，西班牙人也有火炮。”郑芝龙一面骂，一面惊异地发觉，西班牙使用的还是实心弹。
实心弹不会爆炸，比开花弹的威力小了许多，除非被实心弹直接击中，或者落在前面的一条直线上，否则，就没有任何威胁。
“快点，赶紧炮击，将西班牙人的火力压制下去。”郑兴急得满头大汗，没有开炮之前，明军的火炮就是西班牙实心弹的靶子。
“师座，还没调试完毕。”炮手们也着急，他们一边调试火炮，一边还要躲避西班牙人发射的实心弹。
“别管齐射了，调试好的，赶紧开炮，目标是西班牙人的火炮，先让西班牙人尝尝开花弹的滋味再说。”郑芝龙亲自下令。
“是，军座。”
“轰……隆……”
“轰……隆……”
“轰……隆……”
……
明军的火炮开始反击了，开花弹画出一道道美妙的曲线，彩虹似的飞向城头。
巨大的爆炸声，冲天而起的火光，顿时将城头完全笼罩起来。
因为没有调试完毕，落在城头的开花弹不过数枚，但浓烈的烟雾，已经牢牢地锁住城头，西班牙炮手，连炮管的位置都找不准，发射实心弹的速度，就缓了下来。
“打得好，继续射击，将西班牙人火炮，完全压制。”郑芝龙像是毛头小子，他比炮手还兴奋，看来，他更喜欢近战。
调试完毕的明军火炮，逐渐加入到射击的炮群中，南城头已经完全被明军的开花弹覆盖。六十门火炮全部调试完毕的时候，炮手们调整各自的射速，火炮开始齐射。
不管开花弹落在何处，六十枚开花弹同时爆炸，如同天崩地裂、山岳倒塌、海潮决堤，巨大的爆炸声，就是在一千步开外，也会引起耳鸣。
不仅城头的西班牙人，就是南海舰队陆战队的士兵，也是第一次见过。
幸好这是大明的火炮，目标是城头的西班牙人！
三轮炮击之后，城头上的西班牙火炮，已经全部哑火，不是炮兵死了，就是火炮成了变形金刚。
郑芝龙更加兴奋，他好像是天生的战士，战斗越激烈，他就越兴奋，“炮火延伸三百步，三轮炮击。”
城头上已经没有任何西班牙的标志，无论是士兵、火炮，还是西班牙的盾徽旗，统统看不到了，白色的烟雾缓缓飘向高空，但城头发生了剧烈的燃烧，这些浓烈的白烟，似乎永远也散不尽。
“军座，现在怎么办？”郑兴刚才一阵耳鸣，好不容易才恢复了听觉。
“还能怎么办？西班牙人不会这么快就投降，目标城门和城墙，继续炮击。”郑芝龙看着城头的烟雾，他已经在憧憬，马尼拉，很快就会换上大明的日月军旗。
“轰……隆……”
一轮炮击，六十枚开花弹，有一半落在城墙上，散落的泥土像风中的柳絮一样飞扬，但城墙却是纹丝不动。
“他奶奶的，马尼拉城还真坚固，还要浪费老子开花弹。”郑芝龙骂骂咧咧。
四轮炮击之后，城墙开始坍塌，但坍塌的是城墙的上部，断墙离地面还比较高，士兵很难直接越过。
“干得好，继续炮击。”郑芝龙不着急了，既然城墙能被炸塌，大不了多放几炮，正好过过炮瘾。
又是两轮炮击，城墙终于倒塌了，出现了一块十来丈长的豁口。郑芝龙并不急着攻城，他让炮兵再次将炮火向前延伸三百步，两轮炮击。
开花弹完全停止发射后，郑芝龙才下达了攻城令。
他已经忘记了对郑兴的承诺，士兵们刚刚动身，郑芝龙就一马当先，跑在士兵的最前面。
郑兴急得大叫：“弟兄们，司令要第一个入城，我们能让司令冒险吗？”
“不能，决不能让司令身犯险地。”士兵们一边跑，一边大声回答郑兴。
“对，不能让司令冲在最前面，”郑兴急中生智：“第一个入城的人，不论官兵，赏银百两。”
“领赏银喽，冲呀……”士兵们口中呐喊着，脚下丝毫没有减速，纷纷跑到郑芝龙的前面。
“你这兔崽子！”郑芝龙被士兵们甩在后面，只好拿郑兴出气。
“嘿嘿！”郑兴干笑两声，见郑芝龙已经放缓脚步，显然是无法第一个入城了，这才放下心来。
城内的西班牙守军，终于从噩梦中惊醒过来，他们在军官的指挥下，拼命想要堵住城墙的豁口，但城头附近的西班牙士兵，已经被明军的开花弹射杀，西班牙士兵距离城墙的豁口，有一段距离。
双方的士兵，差不多同时接近城墙，就在豁口内外射击。
这是火#枪与火#枪的惨烈战斗，任何铠甲都挡不住高速的子弹。
双方打的是消耗战。
明军的燧发枪，射速比西班牙火#枪快，人数又是西班牙人的无数倍，在付出两百多人的伤亡后，终于全歼了三百名西班牙守军。
入城后，郑兴并没有选择向城内进攻，而是留下一个团的士兵，守住城墙的豁口，其余的士兵分成两组，沿着城墙向东西两侧推进，他要打开东西城门，接应城外的明军入城，然后再利用人数上的巨大优势，彻底歼灭西班牙人。
四个城门外的陆战队士兵，全部入城后，明军才组成一个个小分队，从城门口向中心地带推进，只要遇上红头发蓝眼睛的西夷，无论是不是西班牙人，也不论是军人还是商人，一律射杀。
城中的土著，只要是拿着武器，不管他们的武器是铁锹还是木棒，也是全部射杀。
未时，小分队开始在城内碰头，士兵们只来得及打个招呼，又开始向新的方向，搜索西班牙人，如果稍微有些懈怠，就会失去猎杀西班牙人的机会。
又过了大约一个时辰，城中剩余的西班牙士兵，陆陆续续开始投降，战斗进入尾声，小分队开始在城中收拢俘虏，安定民心。
郑芝龙是在申时末入城的，这时，城内的枪声已经完全停下来。
他在士兵的指引下，来到马尼拉总督府，明军士兵正在查抄总督府，总督府外的广场上，西班牙的盾徽旗已经被明军打穿了几个小孔，又斩断绳索，垃圾一样堆在地上，代之而起的是明军自己的军旗，一面崭新的日月旗，正迎着晚霞，缓缓在总督府前升起。
在城内汉人的协助下，明军很快就肃清残敌。
城内的汉人已经与李通取得联系，他们并不惧怕明军，相反，他们像是过年过节一样兴高采烈，有些人还协助明军维持城内的秩序，让陆战队的士兵有充分的人手在城内肃敌。
天黑之前，战利品初步清理出来。
明军共搜到黄金三十余万两，白银二百三十余万两，这些金银主要是在总督府的仓库中被发现的。
经过审问得知，黄金主要来自南琉球群岛的几座金矿，本来准备随塔波拉一道，启程运往西班牙国内的；白银主要是来自美洲，是随塔波拉船队横穿太平洋而来，原本预备在东方购买瓷器、茶叶、纺织品等，再运回欧洲高价出售，现在这些金银，都成了明军的战利品。
俘获的人员中，共有西班牙商人一千二百人余人，士兵两千余人，包括马尼拉总督塔波拉。
塔波拉不是普通的西班牙士兵或者商人，郑芝龙自然不会一刀了事，他是西班牙在南琉球群岛的最高军政长官，有了塔波拉在手，在接下来的岛屿争夺战中，郑芝龙手中就握了一张最有力的纸牌，要想杀掉塔波拉，也要等到将他身上的利益榨干之后。